Olá Fogaça,
Esse processamento me parece estranho, pois a distância de cosseno vai resultar em um valor único, ou seja, X terá uma única variável, e o PCA de uma única variável é esta própria variável; você nem consegue fazer um PCA com 2 componentes neste caso.
Se você puder indicar algum exemplo de onde viu isso, eu posso dar uma checada mais aprofundada.