Olá Daniel,
Você está certo, o código apresentado na aula retorna a variância das 3 primeiras instâncias (linhas de X), não dos 3 atributos. O resultado correto poderia ser obtido também com np.var(X[:, 0]), np.var(X[:, 1]), np.var(X[:, 2]), ou ainda com np.var(X, axis=1), que calcula a variância ao longo das colunas do array.
Obrigado pela correção!