Olá Dorimar,
As frequências nada mais são do que as probabilidades de as categorias ocorrem naquele dataset. Então, em termos de X e y, podemos reescrever o teorema acima da seguinte forma:
P(y/X) = P(X/y) . P(X) / P(y)
Ou seja, a probabilidade de determinada saída em função dos dados de entrada é definida pela multiplicação das probabilidades (ou frequências) dos dados.