Olá Valdemar,
Tem como sim, você pode ter ao mesmo tempo em sua máquina vários ambientes virtuais, com até mesmo versões diferentes do Python em cada uma delas, e em cada ambiente você mantém a versão desejada das bibliotecas. Você pode fazer isso através do próprio Anaconda (nas aulas de implementação no Windows é mostrado como usá-lo, mas se quiser veja aqui).