Boa tarde Emerson, recomendamos aos alunos que utilizem o anaconda, pois a instalação de bibliotecas é mais fácil, bem como, nos fóruns de ajuda ele é mais discutido. Embora seja possível executar comandos Python nos dois, existem diferenças. O Anaconda é uma distribuição Python totalmente gratuita (inclusive para uso comercial e redistribuição). Inclui mais de 400 dos pacotes Python mais populares para ciências, matemática, engenharia e análise de dados. O PyCharm é um IDE e integra-se ao IPython Notebook, possui um console Python interativo, além de vários pacotes científicos, incluindo Matplotlib e NumPy.
Bons estudos 🙂