Olá Dougtaleb, eu imagino que isso ocorre com todo mundo, pois as vezes as ferramentas não funcionam como deveriam ou entram em conflito. Há um algum tempo atrás perdi algumas horas tentando instalar uma biblioteca, ao passo que, em um dado momento tudo funcionou. Ou seja, é normal e o bom é que sempre aprendemos uma coisa nova.
Quanto a execução do código, percebi que você esta executando todo o código de uma única vez. Para executar somente uma linha ou um trecho de código selecione e em seguida pressione F9.
Sim você pode utilizar o Jupyter Notebooks através na interface do anaconda ou abrindo o prompt do anaconda de digitando o comando jupyter notebook. Uma desvantagem dele para o Spyder é que você não terá a visualização gráfica da variáveis(painel canto superior direito) .
Você pode ainda utilizar o Google Colab ( https://colab.research.google.com/ ), que é muito útil quando precisamos treinar modelos que exigem um alto poder de processamento e GPU, porém ele funciona de maneira similar ao Jupyter notebooks.
Fabio