Olá Daniel!
Qual erro exatamente aparece para você (relacionado ao darknet.dll)? Ah e você está tentando no windows mesmo ou seria outro sistema operacional?
O Darknet deveria aceitar os comandos via linha de comandos normalmente (documentação), mas caso você esteja tendo muitas dificuldades de implementar dessa forma eu sugiro como possível solução ao seu problema você usar a implementação com o módulo DNN do OpenCV, que mostramos no curso. Seria viável para você? Pois assim você não precisa usar diretamente o darknet, você pode fazer a inferência carregando o modelo e passando para a função do módulo DNN.