Olá Vinícius, segue a resposta do instrutor Denny:
Acredito que só faltou converter sua variável y usando o LabelEncoder:
from sklearn.preprocessing import LabelEncoder
y_encoded = LabelEncoder().fit_transform(y)
model = MLPClassifier()
model.fit(X, y_encoded)
O Sklearn até aceita y sem passar por LabelEncoder, mas só para problemas binários. Eu testei o método acima com um dataset com y numérico e deu certo.