Problema resolvido!
Apesar de na aula não ter precisado, basicamente eu resolvi endereçando a coluna do Y no código:
for i, x in enumerate(posicoes):
w = som.winner(x)
plot(w[0] + 0.5, w[1] +0.5,markers[Y[i]], markerfacecolor = ‘None’,
markersize = 10, markeredgecolor = color[Y[i]], markeredgewidth = 2)w
na parte [Y[i]] ele não estava considerando um número inteiro, então eu coloquei [Y[i,0]] sendo 0 a coluna a qual eu estava buscando o dado.