para que isso funcione corretamente você tem que ter feito o procedimento Generate stubs for binary module quando aparece o Gtk sublinhado em vermelho como na imagem a baixo: (clicar no Gtk e depois na lampada vermelha que aparece)
Caso não esteja em vermelho, para que ele fique sublinhado em vermelho novamente você pode tentar deletar a pasta gi que está dentro de Binary Skeletons (caso ela esteja lá)
Se a pasta gi não estiver em Binary Skeletons como acima:
abra as configurações, clique em inspections e pesquise por Unresolved references para python (use o campo de pesquisa), do lado direito da janela provavelmente gi.repository.Gtk esteja como uma referencia ignorada, clique nela para selecionar e no sinal de menos para tirar ela, assim o Gtk voltará a ficar sublinhado em vermelho e você podera fazer o procedimento do inicio.
