Olá RicTompson, segue a resposta do instrutor Denny:
No caso de datasets desbalanceados, ainda assim é recomendável fazer o rebalanceamento, ou utilizar alguma modificação do algoritmo que leve isto em consideração. Para o Naive Bayes, encontrei um artigo inteiro tratando deste assunto: https://www.cs.waikato.ac.nz/~eibe/pubs/FrankAndBouckaertPKDD06new.pdf
Sobre o LabelEncoder, vai depender da biblioteca. A biblioteca NLT apresentada no curso não precisa desta etapa, mas outras exigem receber os textos com indicadores numéricos.