Olá Giovanni,
Por um acaso se você não fizer as modificações no arquivo Makefile ele executa a etapa seguinte normal? Ou o erro apenas ocorre caso seja feita a modificação?
E só pra conferir, você baixou exatamente esse repositório aqui né? => https://github.com/AlexeyAB/darknet
Pois tem o repositório darknet do pjreddie (que antigamente era o oficial) e que possui menos suporte.
Aliás, nesse repositório há um checklist com os requisitos para rodar o darknet no Windows, recomendo dar olhada também só pra conferir mesmo: https://github.com/AlexeyAB/darknet#requirements-for-windows-linux-and-macos