Olá Gerson!
Os parâmetros -w e -h do comando opencv_createsamples para geração do vetor servem para definir o tamanho final das imagens do cascade. Na etapa anterior você pode ter usado por exemplo outros tamanhos de largura e altura para a criação das amostras (também com o comando opencv_createsamples), pois você poderia por exemplo criar amostras com tamanhos maiores, só que ao treinar pode ter preferido usar um tamanho um pouco menor, já que você pode querer reduzir esse tamanho para demorar menos tempo no treinamento. Então você poderia fazer isso, embora recomendamos definir um tamanho inicial e usar ele com os 3 comandos.
Ou seja, nessa etapa da criação do vetor o tamanho escolhido através dos parâmetros -w e -h é definido com o tamanho final do cascade e portanto esses valores devem ser o mesmos usados na etapa seguinte (com o comando de treinamento).